นี่คือระบบต่างๆจากเกมส์ยูกิออนไลน์เดิมที่ถูกนํามาใช้กับเกมส์นี้ครับ
1. Mileage คือ แต้มสะสมที่ได้จากการเติมดูเอลพ้อยท์ ไม่ว่าจะเติมดูเอลพ้อยท์ด้วยวิธีใด ก็จะได้รับ Mileage Point มา ซึ่ง ถ้าเติมดูเอลพ้อยท์ด้วยบัตรดูเอลพาสจะได้ 1 Mileage Point ต่อการเติมพาส 1 ที ถ้าเติมดูเอลพ้อยท์ด้วยเครดิตการ์ดก็จะได้ 5 Mileage Point,USB Duel Pass ได้ 3 Mileage Point ซึ่งแต้มสะสมหรือ Mileage Point ที่เรามีเราสามารถนํามันออกไปแลกเป็นการ์ดอื่นได้

ระบบนี้ได้ถูกนํามาใช้กับยูกิออนไลน์ 2 ด้วย โดยได้เปลี่ยนจาก Mileage เป็น MP และ ค่า MP ที่เราได้รับไม่ว่าจะทางใดจะคูณด้วย 10 ครับ
2.Tournement Point เป็นระบบสะสมคะแนนในการเข้าร่วม Event หลักของเกมส์ ซึ่งได้แก่ Event Gunslinger,Event Duelist Trial,YU-GI-OH Online Championship ซึ่งเราจะได้คะแนนมาสะสมต่อเมื่อเราเข้าร่วมในการแข่งขันและชนะเท่านั้น [ไม่จําเป็นต้องชนะเลิศ] เมื่อชนะติดต่อกัน Tournament Point ที่ได้ก็จะยิ่งมาก โดยจะได้มากน้อยต่างกันตามการแข่งขัน ที่เราเข้าร่วม Championship ได้เยอะสุด รองลงมาก็ Gunslinger และ Duelist Trial โดยการสะสมคะแนนทัวนาเม้นท์พ้อยท์นี้ จะแบ่งเป็นฤดู 3 ฤดู ซึ่งแต่ละฤดูจะมีช่วงระยะเวลาดังนี้

เมื่อสิ้นสุดในแต่ละฤดูก็จะมีการจัดอันดับของผู้เล่นแต่ละคนไว้ เรียงตามคะแนน

ซึ่งผู้เล่นที่มีคะแนนสะสมสูงสุดในช่วง 1-1000 คน เท่านั้น ที่จะได้เลือกการ์ดใบใดก็ได้ที่มีอยู่ในเกมส์มาเป็นตัวเอง โดยขึ้นอยู่กับอันดับของตน


และสําหรับผู้ที่มีคะแนน Tournament Point อยู่ในลําดับที่ 1 ของแต่ละฤดูจะได้รับการ์ดพิเศษเป็นรางวัล

3.Event ของเกมส์ยูกิออนไลน์ มีอยู่ 3 Event ที่เป็น Event หลัก ซึ่งได้แก่

เป็นระบบการแข่งขันแบบชนะติดต่อ [Continueous Winning] ซึ่งเวลาเราชนะแต่ละทีจะได้ ดาว/Star Chip มา 1 ดวงโดยชนะแต่ละทีก็จะได้การ์ดมา โดยจะมีการกำหนดไว้ว่าชนะ รอบแรกได้อะไร ชนะติดต่อกันเป็นรอบที่ 2 ได้การ์ดอะไรไปจนถึง 7 ดาว การ์ดสำหรับผู้แพ้ก็มีการกำหนดไว้ โดยการ์ดที่ได้มาในรอบ 6-7 Win จะเป็นการ์ดที่มีค่ามากในโลกของออนไลน์ [Rare Cards]

และถ้าเราชนะติดต่อกันเกิน 7 ที การ์ดที่เราจะได้ในรอบที่ 8 และต่อๆไปจะสุ่มจากการ์ด 1 ใน 7 Win มาให้เรา ถ้าเราแพ้ในรอบใดรอบหนึ่งดาวที่เราสะสมมาก็จะหายหมด

การแข่งนี้มีเวลาจำกัด คือ 2 ชั่วโมง เท่านั้นต่อรอบ มีการแข่ง 2 ช่วง ช่วงละ 6 รอบเวลาให้แข่ง คือ ศุกร์ 6 โมงถึง 2 ทุ่ม เสาร์ ตี 2-ตี4 เสาร์ 10 โมงเช้าถึงเที่ยง เสาร์ 6 โมงเย็น- 2 ทุ่ม อาทิตย์ตี 2-ตี 4 และอาทิตย์ 10 โมง ถึงเที่ยง การดูเอลเป็นแบบ Single Duel โดย Event นี้ปกติใน 1 เดือนจะมี 2 ทีสลับกับ Event Duelist Trial แต่ถ้าอาทิตย์ไหนมีซองออกมาอาทิตย์ที่ซองออกจะไม่มี Event นี้เกิดขึ้น เพราะโคนามิคงต้องการให้คนไปเปิดซองหาการ์ดที่ต้องการก่อน จะเข้าร่วมแข่ง

และจะไม่มีการบอกล่วงหน้าก่อนว่าการ์ดที่ได้มาจะเป็นการ์ดอะไร จนกว่าจะมีการแข่ง โดยหลักแล้วการ์ดในรอบ 1-4 Win ในการแข่ง 6 รอบเวลาช่วงที่ 2 จะไม่เหมือนกันกับ 6 รอบเวลาในช่วงแรก แต่จะเป็นการ์ดที่มีในซองที่สุ่มออกมา แต่รอบ 5-7 Win จะเหมือนกัน

เวลาแข่งขันและหลายๆอย่างจะคล้ายกับ Gunslinger แต่จะต่างกันตรงเพิ่มเวลามาอีก 1 ชั่วโมง และเวลาแพ้ดาวไม่ลดแต่ถ้าชนะเกิน 7 Win แล้ว การ์ดจะไม่สุ่มจาก 1 ใน 7 Win แต่จะวนจากรอบ 1 Win ใหม่ เป็นระบบสะสมชัยชนะ Collecting Win

เนื่องจากแพ้ดาวไม่ลดการ์ดระดับสูงสุด [7 Win] ของ Duelist Trial จึงมีราคาไม่ค่อยมากในยูกิออนไลน์ แต่ก็ยังถือว่าแรอยู่

Event นี้จะมาสลับกับ Gunslinger อาทิตย์นี้แข่ง GS อาทิตย์หน้าจะแข่ง DT จะเป็นอย่างนี้ตลอด แต่จะต่างกันตรงจะมีการบอกล่วงหน้าว่าการ์ดที่จะได้ในรอบ 5-7 Win จะเป็นการ์ดอะไรและแม้จะมีซองออกมา Event นี้ก็จะยังคงแข่งขันกันอยู่ในอาทิตย์นั้น
YU-GI-OH Online Championship

การแข่งขันที่ยิ่งใหญ่ที่สุดของยูกิออนไลน์ ใน 1ปี จะแบ่งการแข่งออกเป็น 3 ช่วงตามฤดูกาล ได้แก่ Championship Summer,Championship Winter และ Championship Spring



และที่กําลังจะมาถึง คือ Championship Spring 2007 โดยจะจัดแข่ง 16 รอบ รอบละ 512 คน โดย 16 รอบแรกนั้น ถือเป็นรอบคัดเลือก พอได้ 16 คนแล้วถึงจะเข้าสู่การแข่งขันรอบจริง โดยจะมีรอบเวลาให้เราเลือกลงทะเบียนก่อนที่จะแข่ง ถ้าไม่ผ่านในรอบคัดเลือกเราก็สามารถลงทะเบียนเพื่อแข่งในรอบที่เหลือได้ ไม่ว่าจะแพ้หรือชนะในรอบคัดเลือกเราก็สามารถเปิดซองได้ แต่การแข่งขันใน Championship นี้เราจะได้การ์ดรางวัลมาก็ต่อเมื่อ ได้ผ่านรอบคัดเลือกไปแล้ว โดยจะมีการ์ดรางวัลของ 16 คนที่ผ่านรอบคัดเลือก การ์ดของผู้เข้ารอบ 8/4/2 คนสุดท้ายและการ์ดของผู้ชนะเลิศ ที่ถือเป็น Exclusive Cards สําหรับผู้เข้ารอบ แต่อย่างไรก็ตามเมื่อเวลาผ่านไปได้สักพักการ์ดรางวัลพวกนี้ก็จะมีลงซอง/เป็น GS/DT การแข่งเป็นแบบ Single Duel ยกเว้น รอบชิงชนะเลิศที่เป็นแบบ Match โดยใช้เวลาแข่งต่อรอบค่อนข้างนาน เพราะต้องรอจับคู่ รอสุ่มคู่ต่อสู้ และจํากัดเวลาในการดูเอลในแต่ละคู่ไว้ 15 นาที ถ้าเราชนะก่อนก็ต้องมานั่งรอให้ครบ 15 นาทีถึงจะได้ดูเอลในรอบต่อไป

ในระหว่างดูเอล ถ้าฝ่ายใดทําให้เวลาที่จํากัดไว้หมดลง จะถือว่าแพ้ทันทีโดยไม่สน LP ที่ยังเหลืออยู่เลย

4.Event พิเศษ อีเว้นท์เหล่านี้ จะมีขึ้นเพื่อฉลองเนื่องในโอกาสต่างๆ ยังไม่มีการยืนยันว่าจะมีในยูกิออนไลน์ 2 ซึ่งได้แก่

กฎกติกาเหมือน Duelist Trial ทุกประการเป็นระบบสะสมชัยชนะ แต่จะต่างกันตรงมีจํานวนชัยชนะให้เก็บ ถึง 50 รอบ [50 Wins] มีการ์ดในอีเว้นนี้ 50 ใบ ซึ่งที่น่าสนใจที่สุด คือ การ์ดจากในกันสลิงเก้อร์จะมีในนี้


และมีการ์ดใหม่ที่ยังไม่เคยมีออกมาในอีเว้นนี้ด้วย ถ้าเราชนะเกินรอบที่ 50 เป็นต้นไป การ์ดที่ได้จะสุ่มจากใน 1-50 Win มาให้เรา ระยะเวลาในการแข่งมีอยู่ 7 วัน แข่งเวลาไหนก็ได้ ใน 7 วันดังกล่าว แม้เราจะล็อกเอ้าท์ออกมาจากเกมส์แล้ว แต่ดาวหรือจํานวนชัยชนะของเราจะไม่หายไป Event นี้เกิดขึ้นเมื่อครบรอบ 1 ปี ในการเปิดให้บริการ
Event All Pack โคนามิจะนําซองทั้งหมดที่มีมาให้่ผู้เล่นทุกคนได้เปิดซอง โดยซองที่ Discontinue หรือซองที่ถูกแทนที่โดนซองใหม่ก็จะมีให้เปิดซองด้วย ภายในระยะเวลาที่จํากัด [ถ้าผมจําไม่ผิดประมาณ 2 อาทิตย์] เกิดขึ้นเพื่อฉลองครบรอบ 1 ปีที่ยูกิออนไลน์เปิดให้บริการ เช่นเดียวกับ Anniversary Trial 50
Practice Lobby Event

ฉลองเนื่องในโอกาสที่มี User ID ครบ 1 ล้านไอดี เปิดล็อบบี้หรือห้องพิเศษขึ้น สามารถเล่นฟรีได้ภายในระยะเวลาที่กําหนด โดยไม่เสียดูเอลพ้อยท์ แต่จะไม่สามารถเปิดซองได้